Prolog KB är miljöcertifierat enligt ISO 14001:2004 från den 23 november 2009. För region Norrtälje är certifieringsdatumet 29 januari 2007. Miljöledningssystemet används för att organisera och utveckla verksamhetens miljöarbete. Systemet revideras internt och externt en gång vardera under ett år. Extern revisor är Stefan Jobs, Semko-Intertek AB.